火災自動報警系統的主機在平時必須處于正常監視狀態，確保發生火災時能發出警報。火災自動報警系統的聯動設備可設置為自動和手動狀態：
一、自動狀態，是在接到火災報警和相關設備動作信號后，按機器設定的程序來自動啟動和操作相關設備。比如接到火災報警后，自動播放疏散錄音；自動將電梯迫降于一層；自動放下某個防火卷簾；接到消火栓啟動的信號后，自動啟動水泵；接到氣體滅火區域的雙路報警信號，自動啟動氣體滅火系統。
二、手動狀態，是在接到火災報警和相關設備動作信號后，不直接啟動相關聯動設備，需要經過人工確認，來操作相關設備。手動狀態對人員的值班有較高要求，要求人員應該懂得系統如何操作，并確保人員在崗位上，發現問題能及時處理。

火災自動報警系統正常情況下在經過調試、驗收后通常都是運行在自動狀態下，但有些情況下，需要將系統設置為手動狀態，具體情況有：
一、現場經常出現火災誤報警，造成報警系統自動啟動，如氣體滅火系統的誤噴放等，嚴重影響人們正常的生活、工作秩序，同時帶來經濟上的巨大損失。而造成誤報警的原因有很多，如蓄意所為、探測器誤動作、環境變壞、天氣變化、偶然因素等。為了防止這些因素所造成的誤報警帶來的各種影響，在有專人值班的控制中心，可以把聯動設備設置成手動狀態，當報警主機發出火災警報后，值班人員應根據主機屏幕上提供的報警位置，前往現場或和現場人員聯系確認是否發生火災。如確認發生火災，應立即按下附近的手動報警按鈕或按動主機火災斷定按鈕。此時，系統處于連接自動狀態時，主機接受來自現場的報警信號，自動發出啟動相關的設備的控制指令，并接受水泵、防火卷簾、防火閥的設備的運行或動作的反饋信號。
二、現場進行設備維護、檢測、檢修等工作時，為了防止系統誤動作，應將系統設置為手動狀態。設備維護、檢測、檢修等工作時，應將系統調回自動狀態，確保系統能夠正確安全運行。